строению бокового радикала? Гидрофобный или гидрофильный. Просто в разных таблицах его в разные категории запихивают и я не могу понять, что есть истина ну или если он нейтральный, то зачем заведомо вводить в заблуждение. (Сорри за возможно тупой вопрос не по теме)
Он может быть как гидрофобным, так и гидрофильным
Спасибо, я так и понял, но почему создатели учебников не пришли к консенсусу касательно классификации. Вроде биохимия точная наука, не собирание марок как физика
А у него нет того самого бокового радикала ;) поэтому глицин - сплошное исключение, что по разрешённым фи/пси углам (карта Рамачандрана), что по отсутствующей боковой группе. Самое разумное, на мой взгляд, его как исключение и рассматривать
R = H, вот и радикал)
Наша препод по бх называла этот радикал «чмошным»
В общем, то же самое, но другими словами
Такой радикал прям, что почти экстремист
Отдельно он гидрофильный, а в боковой цепи гидрофобный уже. Там RC[H]R, связь C—H неполярная.
Ну что уж так, глицин полезная же в целом штука - незаменимая для создания участков цепи с повышенной гибкостью :)
С одной стороны всё верно, с другой - от гидрофобного остатка ожидаешь вклад в формирование гидрофобного ядра домена (вспоминаем, что желание массивных гидрофобных остатков выйти из полярного водного окружения - это основная сила, сворачивающая белок в глобулу). И глицин как-то не тянет на эту функцию, несмотря на формальную неполярность.
Не нужно путать теплое с мягким. Да, в белках есть аминокислоты с большими неполярными радикалами, за счёт большого энтропийного выигрыша они формируют гидрофобное ядро. Глицин тоже неполярный, но маленький и подвижный за счёт того, что маленький, меньше стерических ограничений, поэтому и его энтропийный выигрыш невелик по сравнению с тепловыми колебаниями и поэтому он не особо участвует в образовании ядра. Но это не делает его не гидрофобным и вода рядом с ним всё так же образует более крепкие ассоциаты.
Стало спокойнее, недоумевал как глицин может быть то гидрофобным то гидрофильным
И снова - с одной стороны всё верно про энтропийный выигрыш и тд, с другой - представьте себе задачку найти лишнее слово в списке: валин, лейцин и глицин :) Мой тезис заключается в том, что глицин обладает рядом особенных свойств и поэтому его лучше рассматривать как исключение и не включать его в общие группы (например, к гидрофобным аминокислотам - аргументы я приводил выше). Ваш тезис, насколько я понимаю, отнести глицин к гидрофобным по формальному признаку - неполярности. Реальность не всегда вписывается в простые классификации, но это дело вкуса. В учебниках можно найти и такой, и такой подход к классификации. Тут ещё вопрос в практической пользе. Я вижу много пользы от рассмотрения глицина в качестве исключения и не вижу пользы от рассмотрения его в качестве гидрофобной аминокислоты (например, глицины часто бывают на поверхности белка, а остальные гидрофобные - нет, один конфуз получается).
Я ничего не говорил о классификации, я говорю о том, что глицин в боковой цепи гидрофобен, тут нет речи о какой-то пользе, это факт. А если уж говорить о пользе, классификации, то я бы лично просто добавил ещё один класс "формирующие ядро" или "сильно гидрофобные", что-то типа такого) Да, классов больше, это не очень, но зато без искажения фактов.
Алекс, изначальный вопрос, породивший дискуссию, звучал так: «Друзья, подскажите пожалуйста, куда все таки правильнее классифицировать глицин по строению бокового радикала? Гидрофобный или гидрофильный. Просто в разных таблицах его в разные категории запихивают», то есть мы с самого начала именно классификацию обсуждали. Я абсолютно соглашусь что глицин - неполярный, но мне трудно согласиться с его классификацией как «гидрофобный» в связи с тем, что его свойства разительно отличаются от свойств других гидрофобных аминокислот. Кстати, любопытный экспериментальный вопрос. Скажем, полифенилаланин (цепь из многих десятков остатков), скорее всего будет нерастворим. Полиглутамат - предполагаю, что будет растворим. А полиглицин? :)
Глицин не имеет оптических изомеров, поэтому лишний
Обсуждают сегодня