Друзья, подскажите пожалуйста, куда все таки правильнее классифицировать глицин по

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Друзья, подскажите пожалуйста, куда все таки правильнее классифицировать глицин по

строению бокового радикала? Гидрофобный или гидрофильный. Просто в разных таблицах его в разные категории запихивают и я не могу понять, что есть истина ну или если он нейтральный, то зачем заведомо вводить в заблуждение. (Сорри за возможно тупой вопрос не по теме)

0

11.09.2023

16 ответов

32 просмотра

Batraz B Автор вопроса

Alexander S1r
Он может быть как гидрофобным, так и гидрофильным

Спасибо, я так и понял, но почему создатели учебников не пришли к консенсусу касательно классификации. Вроде биохимия точная наука, не собирание марок как физика

0

11.09.2023

Oleg K

А у него нет того самого бокового радикала ;) поэтому глицин - сплошное исключение, что по разрешённым фи/пси углам (карта Рамачандрана), что по отсутствующей боковой группе. Самое разумное, на мой взгляд, его как исключение и рассматривать

0

11.09.2023

Alexander S1r

Oleg K
А у него нет того самого бокового радикала ;) поэт...

R = H, вот и радикал)

0

11.09.2023

Vladimir Shitov

Alexander S1r
R = H, вот и радикал)

Наша препод по бх называла этот радикал «чмошным»

0

11.09.2023

Vladimir Shitov

Oleg K
А у него нет того самого бокового радикала ;) поэт...

В общем, то же самое, но другими словами

0

11.09.2023

DrDanaNew

Alexander S1r
R = H, вот и радикал)

Такой радикал прям, что почти экстремист

0

11.09.2023

Alex Trepetsky

Отдельно он гидрофильный, а в боковой цепи гидрофобный уже. Там RC[H]R, связь C—H неполярная.

0

12.09.2023

Oleg K

Vladimir Shitov
Наша препод по бх называла этот радикал «чмошным»

Ну что уж так, глицин полезная же в целом штука - незаменимая для создания участков цепи с повышенной гибкостью :)

0

12.09.2023

Oleg K

Alex Trepetsky
Отдельно он гидрофильный, а в боковой цепи гидрофо...

С одной стороны всё верно, с другой - от гидрофобного остатка ожидаешь вклад в формирование гидрофобного ядра домена (вспоминаем, что желание массивных гидрофобных остатков выйти из полярного водного окружения - это основная сила, сворачивающая белок в глобулу). И глицин как-то не тянет на эту функцию, несмотря на формальную неполярность.

0

12.09.2023

Alex Trepetsky

Oleg K
С одной стороны всё верно, с другой - от гидрофобн...

Не нужно путать теплое с мягким. Да, в белках есть аминокислоты с большими неполярными радикалами, за счёт большого энтропийного выигрыша они формируют гидрофобное ядро. Глицин тоже неполярный, но маленький и подвижный за счёт того, что маленький, меньше стерических ограничений, поэтому и его энтропийный выигрыш невелик по сравнению с тепловыми колебаниями и поэтому он не особо участвует в образовании ядра. Но это не делает его не гидрофобным и вода рядом с ним всё так же образует более крепкие ассоциаты.

0

12.09.2023

Сергей Николенко

Alex Trepetsky
Не нужно путать теплое с мягким. Да, в белках есть...

Стало спокойнее, недоумевал как глицин может быть то гидрофобным то гидрофильным

0

12.09.2023

Oleg K

Alex Trepetsky
Не нужно путать теплое с мягким. Да, в белках есть...

И снова - с одной стороны всё верно про энтропийный выигрыш и тд, с другой - представьте себе задачку найти лишнее слово в списке: валин, лейцин и глицин :) Мой тезис заключается в том, что глицин обладает рядом особенных свойств и поэтому его лучше рассматривать как исключение и не включать его в общие группы (например, к гидрофобным аминокислотам - аргументы я приводил выше). Ваш тезис, насколько я понимаю, отнести глицин к гидрофобным по формальному признаку - неполярности. Реальность не всегда вписывается в простые классификации, но это дело вкуса. В учебниках можно найти и такой, и такой подход к классификации. Тут ещё вопрос в практической пользе. Я вижу много пользы от рассмотрения глицина в качестве исключения и не вижу пользы от рассмотрения его в качестве гидрофобной аминокислоты (например, глицины часто бывают на поверхности белка, а остальные гидрофобные - нет, один конфуз получается).

0

12.09.2023

Alex Trepetsky

Oleg K
И снова - с одной стороны всё верно про энтропийны...

Я ничего не говорил о классификации, я говорю о том, что глицин в боковой цепи гидрофобен, тут нет речи о какой-то пользе, это факт. А если уж говорить о пользе, классификации, то я бы лично просто добавил ещё один класс "формирующие ядро" или "сильно гидрофобные", что-то типа такого) Да, классов больше, это не очень, но зато без искажения фактов.

0

12.09.2023

Oleg K

Alex Trepetsky
Я ничего не говорил о классификации, я говорю о то...

Алекс, изначальный вопрос, породивший дискуссию, звучал так: «Друзья, подскажите пожалуйста, куда все таки правильнее классифицировать глицин по строению бокового радикала? Гидрофобный или гидрофильный. Просто в разных таблицах его в разные категории запихивают», то есть мы с самого начала именно классификацию обсуждали. Я абсолютно соглашусь что глицин - неполярный, но мне трудно согласиться с его классификацией как «гидрофобный» в связи с тем, что его свойства разительно отличаются от свойств других гидрофобных аминокислот. Кстати, любопытный экспериментальный вопрос. Скажем, полифенилаланин (цепь из многих десятков остатков), скорее всего будет нерастворим. Полиглутамат - предполагаю, что будет растворим. А полиглицин? :)

0

12.09.2023

DrDanaNew

Oleg K
И снова - с одной стороны всё верно про энтропийны...

Глицин не имеет оптических изомеров, поэтому лишний

0

12.09.2023

Alexander S1r · Accepted Answer

Alexander S1r

Он может быть как гидрофобным, так и гидрофильным

0

11.09.2023

Похожие чаты

Друзья, подскажите пожалуйста, куда все таки правильнее классифицировать глицин по

16 ответов

Похожие вопросы