Я понимаю, что их слишком много и подтвердить всё это

>были вот такого типа статьи, когда молзамещение от дальних гомологов из ПДБ не срабатывало (или волбще ничего похожего в ПДБ не было), а с АльфаФолдной моделью сработало если вместо альфафолда поставить другие методы, которые были до него, утверждение останется верным

0

20.09.2023

Oleg K

Egor Marin
>были вот такого типа статьи, когда молзамещение о...

Какие другие методы могли смоделировать белок, чтобы прошло молзамещение, если гомолога в ПДБ не было?

0

20.09.2023

Oleg K

Egor Marin
>были вот такого типа статьи, когда молзамещение о...

Про арчимбольдо и другие методы на фрагментах не надо рассказывать, они без ультра-высокого разрешения не работают

0

20.09.2023

Egor Marin

Oleg K
Какие другие методы могли смоделировать белок, что...

был успех для ev-fold, кажется, году в 2019-2020 какая-то Nature

0

20.09.2023

Egor Marin

Oleg K
Про арчимбольдо и другие методы на фрагментах не н...

да, конечно, я не про них

0

20.09.2023

Oleg K

Egor Marin
был успех для ev-fold, кажется, году в 2019-2020 к...

Ну я как-бы в то время был достаточно близок к method development’у (в ССР4 core team работал), но это как-то прошло мимо нас. Что скорее всего означает, что это были максимум единичные случаи :( Грубо говоря, разработчики пайплайнов молзамещения не кинулись прикручивать ev-fold, значит оно работало не так хорошо. Альфафолд прикрутили сразу, потому как сходу зарешали его моделями все тяжелые случаи :)

0

20.09.2023

Egor Marin

Oleg K
Ну я как-бы в то время был достаточно близок к met...

ну да, тут не спорю

0

20.09.2023

Oleg K

Egor Marin
ну да, тут не спорю

Всё-таки АФ правда оказался на голову выше тех систем, которые были до него, хотя и он не идеален. Том Тервиллигер развлекся, взял из ПДБ экспериментально фазированные структуры, депозитированные после выхода АФ и попробовал их решить АФ моделями на автомате. Из 215 что ли структур молзамещение в лоб не прошло только для семи структур вроде. Короче, есть польза от АФ в народном хозяйстве, до него такого (в таком масштабе) не было :)

0

20.09.2023

Egor Marin

Oleg K
Всё-таки АФ правда оказался на голову выше тех сис...

я правда не спорю :)

0

20.09.2023

Oleg K · Accepted Answer

Ещё про новые укладки - были вот такого типа статьи, когда молзамещение от дальних гомологов из ПДБ не срабатывало (или волбще ничего похожего в ПДБ не было), а с АльфаФолдной моделью сработало, и там оказался новый фолд: https://www.nature.com/articles/s42003-022-03357-1 Тут философский вопрос - что считать новым фолдом, конечно

Похожие чаты

Я понимаю, что их слишком много и подтвердить всё это

13 ответов

Похожие вопросы