Похожие чаты

Ну это все равно не так много — можно любые

методы крутить - по скорости думаю все справятся.

Самое простое - начать с визуального контроля - посмотреть видны ли кластеры на глаз - это можно сделать так:

сделать one-hot encdoding - мы получаем матрицу размера 1мил х 16*4
с этой матрицей можно сделать

1) ПСА, юмап - и посмотреть видны ли кластеры

2) можно попробовать сделать sns.clustermap - но не уверен что это потянет по скорости и картинка будет четкой - тут лучше даунсемплить до 100-1000-... .

PS
Если есть совсем четкие кластеры - юмап их покажет, (и может даже ПСА - но оно хуже видит кластеры) . Как на картинке .https://www.kaggle.com/code/alexandervc/ribonanza-1-eda?scriptVersionId=144787111&cellId=10

Но это редкость чтоб прям так четко было видно

2 ответов

19 просмотров

Фига, это круто но не, задача немного другая. Я ожидаю, что среди миллиона сиквенсов у меня отличных последовательностей на самом деле, скажем, тысяча, и они повторяются много-много раз, но часто с ошибками.

Alexander-C Автор вопроса
Ilya Flyamer
Фига, это круто но не, задача немного другая. Я ож...

чтобы по быстрому проверить эту гипотезу - можешь взять один секвенс и подсчитатать дистансы хемминга или левенстейна ко всем остальным и нарисовать распределение если будет маленький кластер отдельный от большого горба - то веротяно так и есть - есть кучка сиквенсов близких к твоем , и есть все остальное https://www.kaggle.com/code/alexandervc/ribonanza-1-eda?scriptVersionId=144787111&cellId=106

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Ready for some fun AND a chance to win TKO Tokens? Join us for exciting minigames in our Telegram group! 🕒 Don’t miss out—games start on today 25 October 2024, at 8 PM! Ge...
Milkyway | Tokocrypto
255
Добрый вечер. Есть вопрос, а может и предложение. Был у меня диалог в другой группе о делфи и я задался вопросом: "А нельзя ли в делфи цвет //коментария и {комментария} сде...
Kraszx
24
How about the project bro Likes the community not that active ?
🅿️abby_FX
19
Всем привет! Подскажи, пожалуйста, как передать в TComboBox сразу значение и id записи. На Delphi я делал так: ComboBox1.Items.AddObject('Какое-то значение', Pointer(id запис...
Евгений
13
Мдя, прикол, боевая сборка запускается (именно под отладчиком) после F9 примерно полторы минуты (97 секунд если быть точным). Начал копать - проблема детектится сразу - зависа...
Александр (Rouse_) Багель
38
How are we going bro about the Raids ??
🅿️abby_FX
13
Россия стала ввозить сливочное масло из ОАЭ. Просто ради любопытства взглянул на статистику и впечатлился. У арабов среднестатистическая корова дает около 42 литров молока в д...
Foxcool
2
Здравствуйте, вопрос по структурам данных. Были у вас случаи, когда пришлось писать деревья или двунаправленные списки?
/ /
50
Товарищи, кто работа с iphelper? Или может я в самой логике ошибки фигачу, не пойму.... var ifTable : PMIB_IFTABLE; size, corSize: DWORD; Buffer ...
Warfarellen
4
я так понимаю, я так подозреваю, что создание такого плагина для человека, кто умеет писать плагины для делфи потребует минут 5-10 времени. но это мое подозрение. хотелось бы ...
Kraszx
7
Карта сайта