Тоже есть вопрос по кластеризации, но уже белков - хочу

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Тоже есть вопрос по кластеризации, но уже белков - хочу

кластеризовать ~3к небольших белков из одного кегг ортолога по сходству (99%). Я никогда не кластеризовал белки, в целом не думаю, что задача сильно отличается от кластеризации нк, но может быть есть какие-то подводные камни. Какой тул посоветуете? UCLUST подойдёт?

0

04.10.2023

9 ответов

21 просмотр

Alexander C

@ok55991 @olegkovale @marinegor

0

04.10.2023

Alexander C

визуальный контроль и тут полезен и если белков мало - sns.clustermap полезен - это как бы НЕ ДО кластеризация - но в этом и прелесть что можно оценить насколько вообще оно кластризуется

0

04.10.2023

Danila Iakovlev

Вам по последовательностям или структурам?

0

04.10.2023

Ilya Flyamer

Там есть отдельная тулза для НК, но изначально он для белков сделан Я только что про него узнал и гуглил, если что, я не спец))

0

04.10.2023

Mr.britva Автор вопроса

Danila Iakovlev
Вам по последовательностям или структурам?