Похожие чаты

Коллеги, кто-нибудь работал плотно с bcftools? У меня есть vcf-ка

на несколько образцов, полученная объединением нескольких однообразцовых, мне бы понять, как фильтровать снипы по генотипу одного из образцов. пробовал bcftools view -i 'FORMAT/GT[4] != "0/0"' (например, для того, чтоб убрать такие снипы, у которых пятый семпл имеет генотип не 0/0), но кажется это не работает, судя по аутпуту.

4 ответов

10 просмотров

Такое через awk скорее всего проще сделать. bcftools не уверен, что может такое.

Daniil-Khlebnikov Автор вопроса
Алексей Ермолаев
Такое через awk скорее всего проще сделать. bcftoo...

Ага, понял. Просто разработчики пакета пишут, что их тулы быстрее чем awk+cut+UNIX-утилиты, думал, что так лучше будет. awk так awk :^)

Daniil Khlebnikov
Ага, понял. Просто разработчики пакета пишут, что ...

Ну если vcf не прямо огроменный, то разница в скорости не то чтобы сильно заметна

Daniil-Khlebnikov Автор вопроса
Алексей Ермолаев
Ну если vcf не прямо огроменный, то разница в скор...

в несжатом виде 58 гб (семплов > 2K), но благо у меня есть время, чтоб подождать awk

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

30500 за редактор? )
Владимир
47
а через ESC-код ?
Alexey Kulakov
29
Anyone knows where there are some instructions or discort about failed bridge transactions ?
Jochem
21
Чёт не понял, я ж правильной функцией воспользовался чтобы вывести отладочную информацию? но что-то она не ловится
notme
18
Привет)) уже кажется эту тему перемусолили, но вот я так и не понял. Я сейчас сижу на 27дюймов 2к мониторе. На Актуальной макоси, если я куплю 27д 4к монитор: - будет ли изобр...
Vladislav Piskunov
16
Also, why can’t the community have a vote/ say when it comes to initiatives like buybacks. Isn’t the point of crypto decentralisation? Don’t we deserve input as long term supp...
👨🏽‍🦰
13
any reference of this implementation?
BitBuddha
29
Страшнейшая правда про списки ЦБ. С первых дней жизни P2P сферы, молодые человеки, начитавшись законодательной базы и "внутренних" документов, решили, что им противостоит сер...
Foxcool
3
У меня есть функция где происходит это: write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 0); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); w...
~
14
Hi guys, any problem with Pulsebrige? Trying to transfer from wETH to ETH. First it tells me to connect my metamask "through mobile app" not desktop. Then I did and confirmed ...
Snowflakecrypto
13
Карта сайта