Всем привет... может кто имел дело с множественными ensemble-id одного

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Всем привет... может кто имел дело с множественными ensemble-id одного

гена? Например у меня есть ENSG00000280467 и его уже нет в HGNC, но скажем Википедия говорит что это ген TCF20 и у него есть десяток ensembl id... Как я могу однозначно замапить ensemble-id в gene symbol? Очевидно HGNC тут не поможет...

0

13.10.2023

3 ответов

17 просмотров

Vasily 🔭 🐁

А что за данные? Я с таким в 10x Genomics встречался. Руками открыл их референс и по gtf файлу сделал табличку для конверсии. Там однозначное соответствие, но это не общее решение

0

13.10.2023

Alex Автор вопроса

Vasily 🔭 🐁
А что за данные? Я с таким в 10x Genomics встречал...

Экспрессия, GTE, запускаем на них VAE

0

13.10.2023

Eugene · Accepted Answer

Eugene

однозначно никак не получится - у кучи gene symbol более одного ENSG - могу вам таблицу быстро вывести если интересно. можете брать первый например

0

13.10.2023

Похожие чаты

Всем привет... может кто имел дело с множественными ensemble-id одного

3 ответов

Похожие вопросы