Насколько принято в такого типа анализе смотреть сразу на функциональность

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Eugene

Насколько принято в такого типа анализе смотреть сразу на функциональность

мутаций? хотя бы предсказанную - вот сразу и уменьшение размеренности на пару порядков

0

13.10.2023

4 ответов

8 просмотров

Eugene Автор вопроса

Elena Sharova
Не принято. В силу структуры чипов сигнал gwas поч...

а это чип? извините, пропустил

0

13.10.2023

Elena Sharova

Elena Sharova
Не принято. В силу структуры чипов сигнал gwas поч...

Про интерпретацию как замену вместо маркера структурного гаплотипа - это известная реальная история с AMD. Анализ которого начинался с prs с диким количеством точек, а вылился в 2 регуляторных пути (т.е. условная дигенка), один из которых имеет большой cnv вклад. И более 85% объясняемой вариабельности. Но для этого понадобилось правильно понизить размерность. А потом понять, что видно в итоге.

0

13.10.2023

Mr.britva

Elena Sharova
Про интерпретацию как замену вместо маркера структ...

Это не путь дата саентистов, к сожалению

0

13.10.2023

Elena Sharova · Accepted Answer

Не принято. В силу структуры чипов сигнал gwas почти никогда не из за каузальных вариантов, а из-за сцепленных с ними популяционных. Можно до потери пульса интепретировать трчку как замену, пока кто-то на сообразит, что это маркер гаплотипа с cnv. Поэтому ни в первом, ни во втором приближении интепретировать в понимании мед генетики снипы чипа не нужно.

Похожие чаты

Насколько принято в такого типа анализе смотреть сразу на функциональность

4 ответов

Похожие вопросы