Всем добрый день! Уже задавала этот вопрос, но, если честно,

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Всем добрый день! Уже задавала этот вопрос, но, если честно,

у меня ничего не получилось((( мне нужно конвертировать OTU (operational taxonomic unit) в ASV (amplicon sequence variants), файлы у меня в формате fa. Пыталась конвертировать через microbiomeanalyst, но там нужны файлы в формате fastq. С Python пока у меня тяжелые отношения, возможно это сделать другим способом? и как перевести каунты в относительное разнообразие, чтобы потом проводить анализ альфа и бета разнообразия? Сделала все через microbiomeanalyst, но мне кажется, что это все неправильно, потому что изначально ничего не конвертировала. Прошу прощения за глупые вопросы, но хочется разобраться

0

12.11.2023

8 ответов

34 просмотра

Alex

Иногда в Fasta файлах на самом деле fastq, надо открыть их и глянуть есть ли там строчка качества для каждого Рида...потом слово конвертировать какое то не точное ) конвертировать, это перевести из одного формата в другой без добавления новой информации... А достать юниты или индивидуальные мутации, это целый воркфлоу... Например с помощью dada2 https://f1000research.com/articles/5-1492

0

12.11.2023

Alex

И принципиальный вопрос, все сиквенсеры сейчас выплёвывают файлы с качеством, где вы взяли файл без качества?))) Просто может какая то принципиальная ошибка в том что вы делаете )

0

12.11.2023

Dianna Kosyan Автор вопроса

Maria
А зачем вам otu в asv конвертировать? Есть ли у ва...

Мне посоветовали работать именно с вариантом asv. К сожалению, прям сырых данных у меня нет( мне посоветовали перевести otu в относительную величину, дабы снизить вариант получения ложных результаты по альфа и бета разнообразию.

0

12.11.2023

Mr.britva

Dianna Kosyan
Мне посоветовали работать именно с вариантом asv. ...

Чтобы перевести otu в относительную величину вам просто нужно для каждого образца процент каждой otu от суммы всех otu по данному образцу посчитать, вам для этого asv не нужны

0

12.11.2023

Mr.britva

Alex
И принципиальный вопрос, все сиквенсеры сейчас вып...

Скорее всего были данные, процессированные по старому подходу с отушками. В этих данных в том числе есть фаста-последовательности отушек, я думаю оттуда и взяли последовательности без качества

0

12.11.2023

Dianna Kosyan Автор вопроса

Mr.britva
Чтобы перевести otu в относительную величину вам п...

Спасибо огромное🙏🏻

0

12.11.2023

Dianna Kosyan Автор вопроса

Mr.britva
Чтобы перевести otu в относительную величину вам п...

Можно я уточню, правильно ли я понимаю, что если условно у меня в образце 28000(100%) otu, а, например, отдельных представителей условно 1050, 28, 35 ….. otu, я просто нахожу процент каждого от 100%?

0

12.11.2023

Maria · Accepted Answer

Maria

А зачем вам otu в asv конвертировать? Есть ли у вас сырые данные чтобы заново проанализировать и получить asv? Насколько я знаю, otu в asv в принципе невозможно "сконвертировать", недостаточно информации

0

12.11.2023

Похожие чаты

Всем добрый день! Уже задавала этот вопрос, но, если честно,

8 ответов

Похожие вопросы