Ещё на сколько вообще адекватной бывает кластеризация по симилярити

такая цепочка: по Simplified molecular-input line-entry system (SMILES) посчитаны circular fingerprints, расстояния - посчитаны по Tanimoto similarity. То есть кластеры отображают схожесть химической структуры получается. @Alexander_V_C таргеты вроде не участвуют же, или ты про другой способ?

0

20.09.2023

Danila Iakovlev

Alexander C
у нас в трейне и тесте соединения одинаковы

Так а результаты на чем проверяют? Я чет запутался, первый компетишен все-таки)

0

20.09.2023

Danila Iakovlev

Antonina
такая цепочка: по Simplified molecular-input line-...

Это да, мне было интересно, как метки кластеров получались из матрицы расстояний, а потом понял, что у вас немного по-другому устроено, я имел в виду вот такое

0

20.09.2023

Danila Iakovlev

Antonina
такая цепочка: по Simplified molecular-input line-...

Таргеты можно подключить, если никто не возьмется, я попробую ближе к выходным проаннотировать соединения – изначально думал, что задача сложнее, а тут оказывается у всех молекул даже названия есть, то есть они как минимум в литературе описаны

0

20.09.2023

Alexander C

Antonina
такая цепочка: по Simplified molecular-input line-...

а сорри, я думал ты по таргетам , а что за Танимото симилярити - это ты взяла из того паблик ноутбука ?

0

20.09.2023

Alexander C

смотри - у нас две фичи - клеточный тип, драг, по отдельности все представлено в трейне и в тесте вопрос в комбинациях - в трейне - одни комбинации (то есть пары тип+драг), а в тесте другие ) , понятно ? или не очень ?

0

20.09.2023

Danila Iakovlev

Alexander C
а сорри, я думал ты по таргетам , а что за Танимот...

Для вычисления симилярити используют битовый вектор фиксированной длины – фингерпринт, в котором единицы соответствуют наличию той или иной подструктуре, соответственно, чем меньше расстояние между фингерпринтами, тем выше симилярити

0

20.09.2023

Danila Iakovlev

Alexander C
смотри - у нас две фичи - клеточный тип, драг, по ...

Понятно, то есть новых соединений не появится?

0

20.09.2023

Alexander C

Danila Iakovlev
Для вычисления симилярити используют битовый векто...

а о каких структурах идет речь ? это специфино для смайлс ?

0

20.09.2023